2021年结直肠癌分子检测高通量测序中国专家共识发布,应以一览!

2021-11-15 19:23:36 来源:
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珠膀胱癌在法制的发眼疾率呈快速增长上升的趋势,世也 两界卫生该组织该协会癌症研究机构(International Agency for Research on Cancer,IARC)资料显示,法制 2020 年珠直 肝眼疾的新发眼疾例数为 56 万例,因珠膀胱癌死亡眼疾例达 29 万例 。 约 25%的珠膀胱癌眼疾患者在诊断时已出现远 三处集中会于,此外,25%的眼疾患者在治疗法三妥善处理过程中会发生集中会于,末期 眼疾患者预后较差,5 年生存率不足 15%。 化学键一个大仍须 测量是选取抗眼疾毒治疗法受益一些人的先决条件,近些年随着探测量 技术的快速发展,高通量测量序,也叫作将来测量序( next generation sequencing,NGS),因其在通量、形同本及生产形同本 等多方面的整体优势,在基因序列凋亡探测量中会展现出越远 来越远宽广的运用于前景。 然而 NGS 探测量技术三妥善处理过程适合于, 对科学实验一楼环境必需、兼职人员能力及总质量负责管理要求高,任何 一个环节出现问题,亦会影响探测量珠果的准确特质,进而影响临床研究决策。

为确保安全临床研究诊治兼职的准确特质和合理特质,本协商由临床研究医师珠合珠膀胱癌实际诊治需要求发起,业内诸多探测量新公司参与,眼疾理及探测量专家学者指称导,从珠膀胱癌 NGS 探测量的临床研究出发点及科学实验一楼三妥善处理过程质控出发点主导起草中会国专家学者协商,以指称导 NGS 探测量技术在珠膀胱癌诊治中会的主张运用于。

1,生物学一个大在珠膀胱癌中会的临床研究意义

现有较说明的肝眼疾系统特质遗传眼疾疾眼疾主要有 3 类:Lynch 整体征、家族特质腺瘤肉眼疾 ( familial adenomatous polyposis,FAP)和斑点皱纹眼疾(P⁃J 整体征)。 同时《中会国临床研究学会 ( CSCO) 珠膀胱癌诊治范本 2020 国际版》 针对遗传眼疾珠膀胱癌SNP和基因序列诊断颁布了主张。

FAP 自荐完形同 APC 碱基测量序/完整国际版遗漏测量序,有凋亡提示 FAP 或衰减DF FAP(AFAP);无凋亡 则自荐行 MUTYH 碱基测量序 / 完整国际版遗漏测量序,有颈 变提示 MUTYH 系统特质皱纹眼疾(MUTYH⁃associated pol⁃ yposis,MAP)。 对于无任何已知的皱纹眼疾整体征基因序列 的眼疾菌特质基因序列凋亡,首选多基因序列凋亡探测量,多基因序列 Panel 理应除此以外所有皱纹和珠膀胱癌系统特质基因序列。

珠膀胱癌中会常见 TMB 可用方法有及探测量范围概要

TMB 探测量更进一步尽力选取免疫治疗法潜在获 益的眼疾患者,显著提升末期恶特质眼疾患者的先决条件缓 解率和总生存期。 MSI⁃H/dMMR 并不一定也在在 TMB⁃H,MSI⁃H 抽十分相似中会有约 83%表现为 TMB⁃H,且有 97%的抽十分相似 TMB≥10 Muts/ Mb。 在化学疗法和系统化三妥善处理过程中会,TMB 的审核可用主张 在不同癌种中会共存差异,而不同抗眼疾毒测量序 Panel 的 TMB 探测量体系之间 TMB 阈值不必通用。

眼疾患者颁布系统特质治疗法方案的三妥善处理过程,珠合珠膀胱癌生物学一个大系统特质临床研究意义,敦促探测量作如下自荐 :

2,抽十分相似三妥善处理及转运

FFPE 抽十分相似为确保安全核糖总质量,开刀或活仍须

该组织理应在离体 30 min 内滴到 100 ml 的 4%中会三 醇和溶尿液中会完形同比较简单,惟恐免用作酸特质及含有重金属 离子的比较简单尿液。 其中会,大新种比较简单时长为 6 ~ 48 h,不超过 72 h;小活仍须体可比较简单 6 ~ 12 h。 对 其中会 1 张 FFPE 抽十分相似完形同切片染色,并在显微镜 下观察细胞内的甜度和数量。 若甜度不 足,则科学实验一楼所需要对通过非金属后不符总质量要求的 新种完形同审核,或者制备形同 FFPE 细胞内学蜡块后 完形同核糖提取。 除此以外的是,积极参与 NGS 探测量前 理应通过 HE 染色审核细胞内甜度,数保证肿 瘤细胞内甜度在 20%以上。

开刀或活仍须的蜜糖该组织抽十分相似

蜜糖该组织可提取到高总质量的核糖。 蜜糖该组织理应在离体 30 min 内 将其完好于尿保鲜罐或者-80 °C 雪箱中会,可惟恐免 RNA 等 核糖降解。 如需要审核细胞内甜度,可制为用胶囊切 片DNA方法有,若细胞内甜度不足,可通过标记 范围完形同非金属。 蜜糖该组织可在尿保鲜、-80 °C 雪 箱或稳定剂中会长期完好。

血液抽十分相似

对于共存于血液中会的反向 DNA, 即 ctDNA,取十分相似时可用作专用的 ctDNA 完好管制为血, 制为血后轻柔颠倒 8 ~ 10 次,确保安全制为心肌中会的 ctDNA 完好尿液与体尿液充分混匀,气态转运完好方能,严禁 冻融体尿液;驶出科学实验一楼后,复合血液,提取基质 DNA[26] 。 也可用作一次特质 EDTA 抗凝真空制为心肌, 制为集 8 ~ 10 ml 全血,保鲜货运,2 h 内复合血液,提 取基质 DNA,如需要完好,请置于-80 °C 雪箱中会,并惟恐 免反复冻融。

抽十分相似运送主张

送主张操作主张( SOPs) 以确保安全运送三妥善处理过程中会各类十分相似 本的安全特质和三妥善处理过程的可控特质(详见第 4 节)。 石蜡 材料可以气态货运,体尿液抽十分相似所需要在干雪必需下运 输,核糖抽十分相似需要在 4 °C或胶囊必需下货运。

3,晚报终理解及主张模国际版

NGS 临床研究晚报终包含内容

基因序列探测量的临床研究晚报 终理应当除此以外:(1)坚实文档:科学实验一楼称呼、科学实验操 作兼职人员、晚报终审核兼职人员、联系方式。 (2)受仍须者的 大体上文档:理应除此以外受仍须者履历、特质别、出生日期、 接受探测量的日期、探测量的目的和受仍须者的临床研究指称 征等。 (3)抽十分相似的文档:抽十分相似类DF,如 DNA、外周血、唾尿液、蜜糖该组织、FFPE 该组织等;制为集时长和制为 集手部、抽十分相似A、送仍须时长、探测量晚报终时长和十分相似 本主要质控情况,如 DNA 总质量审核以及测量序质 量审核等。 (4)探测量概念设计:基因序列 Panel 的探测量位 点及 仍须 测量 范 围、 仍须 测量 仪 器、 仍须 测量 试 剂, 是 否 为 NMPA 准许用作的探测量还原剂以及 NMPA 获批的 基因序列启动子文档,或科学实验一楼自造探测量( laboratory de⁃ veloped tests,LDTs) 还原剂、探测量方法有、探测量范围、仍须 测量少于(LoD)等。 (5)探测量珠果及基因序列凋亡理解:对 基因序列基因序列凋亡的探测量珠果完形同理解,如仍须出的基因序列 DF、基因序列凋亡珠果、DNA变化情况、探测量珠果的眼疾菌 特质标准、药剂文档及临床研究意义、基因序列凋亡理解所述的 简介文献等。 (6)标注探测量方法有的科学实验一楼内部验 证珠果,探测量局限特质及不相符特质,必要性探测量的 敦促。

基因序列基因序列凋亡的定名

对基因序列基因序列凋亡的描述理应遵循 一定的主张和主张,自荐用作生命基因序列组基因序列凋亡创会 定名范本(www.hgvs.org),基因表达本的必需要敦促制为用基因序列座简介基因序列组基因序列组资料库( Locus Reference Ge⁃ nomic, https:/ /www.lrg⁃sequence.org) 两就其的基因表达本或者多个该协会资料库公认的主要基因表达本。 对遗传眼疾珠膀胱癌系统特质基因序列基因序列凋亡的概述,敦促以美国医学遗传学学院( American College of Medical Genetics and Genomics,ACMG;https:/ / www.acmg.net)范本为主张,在探测量珠果中会表列出说明的基因序列凋亡启动子文档,除此以外基因序列称呼、所简介的生命基因序列组补丁、基因表达本简介基因序列组补丁、胺基酸基因序列凋亡、基因序列凋亡、碱基 / 内含子数字、等位基因序列杂合特质、DNAA及坐标等等。

临床研究意义的理解和批注

对于胚胎内凋亡,制为用标准三妥善处理的方式 整体在在诊断、临床研究范本、资料库或文献论据,可 以将胚胎内基因序列凋亡划分临床研究意义说明(I 级)、有潜在临床研究意义(II级)、临床研究意义有异确(III 级) 和良特质或可能良特质凋亡( IV级) 。 科学实验一楼所需要造立分类及标准和晚报终的 SOPs,SOPs 理应数除此以外两 个多方面:(1) 对胚胎内基因序列凋亡完形同标准的三妥善处理过程; (2)在日常探测量中会晚报终哪一级或哪几级颈词尾点。 标准的三妥善处理过程理应有历史纪录,除此以外论据可能的范本、文献、 资料库、论据等级、标准珠果等。 临床研究论据要求颈 词尾点标准,可根据《高通量测量序技术临床研究主张化 运用于北京专家学者协商》发表的胚胎内颈词尾点和临 床论据划分表列 4 级。

对胚系凋亡的探测量

除了中会外诊治范本及 重要简介文献外,计有 Online Mendelian Inheritance in Man (http:/ /omim.org)和美国 ACMG 可简介。 ACMG 范本将基因序列凋亡启动子眼疾菌特质的等级划分眼疾菌、疑 形如眼疾菌、临床研究意义未明、无故良特质和良特质 5 个等级。 晚报终中会理应表列出与遗传眼疾珠膀胱癌(如 FAP、Lynch 综 合征等)系统特质的眼疾菌以及无故眼疾菌基因序列凋亡,并对基因序列凋亡 的眼疾菌特质完形同分析方法理解[28] 。

意义有异启动子的三妥善处理

无论是胚胎内 凋亡,或是胚系凋亡,都共存意义有异启动子。 科学实验 一楼需要颁布系统特质举措用来相符是否晚报终或者不晚报终 临床研究意义有异的启动子,并附有概述和简介资料库, 并且要在晚报终中会标明本科学实验一楼出具临床研究晚报终的 准则。

DPYD 探测量珠果

中会等糖类DF眼疾患者,理应基于 活特质分值减小是从浓度;极快糖类DF理应惟恐免用作氟肠胃嘧 啶及其前体药剂。 UGT1A1 探测量珠果中会,UGT1A1∗28 和∗6 为纯合基因序列凋亡DF或双杂合基因序列凋亡DF的眼疾患者理应减小 伊立替康的浓度,自荐浓度为 150 mg / m2 。

低丰度凋亡珠果的三妥善处理

对抽十分相似完形同 NGS 仍须 测量时如出现较低丰度的凋亡珠果( 并不一定该组织学抽十分相似大于 5%,体尿液抽十分相似大于 1%或大于探测量 LoD)时,造 议整体审核 NGS 科学实验平台特质能、测量序深度以及 细胞内人口比例等因素整体考虑。 特别对于抗眼疾毒治疗法相 关的基因序列敦促用作其他探测量方法有完形同必要性验证 表明(如 Sanger,dPCR 等)。

知情表示同意

敦促给予眼疾患者文稿或者在线国际版的知情书。

晚报终模国际版

科学实验一楼理应根据探测量概念设计,说明对理应 的探测量晚报终模国际版(表 7),并产生 SOP 文件。 模国际版中会 理应说明表列出探测量晚报终中会理应给予的文档,如眼疾患者大体上 文档、抽十分相似文档、探测量文档、探测量珠果、珠果解释、实 验一楼文档、探测量方法有的局限特质以及其他内容等。

原始出三处

中会国抗癌创会抗眼疾毒治疗法专业委员会.珠膀胱癌化学键探测量高通量测量序中会国专家学者协商 .临床研究学周刊 2021 年 3 月第 26 卷第 3 期 Chinese Clinical Oncology,Mar. 2021,Vol.26,No.3

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